Fouilles, recherches cartographiques, exploitation d’archives, études d’artefacts et d’écofacts menées par le CEAlex permettent petit à petit de reconstituer la topographie et l’histoire de la cité d’Alexandrie et de ses habitants sur la longue diachronie. Elles s’accompagnent de l’exploration de son territoire nourricier sur les bords du lac Mariout grâce à une prospection extensive et des fouilles ciblées. Après les fouilles de la presqu’île de Marea qui ont livré trois exceptionnelles maisons-tours datées de l’époque hellénistique et celles du site d’Akadémia, où pressoir, ateliers de potiers, fours de très grandes dimensions et collines de déchets de production témoignent de l’importance de la culture vinicole dans cette région, le CEAlex mène aujourd’hui des fouilles sur le site de Kôm Bahig qui, livrant des habitations datées entre le VIIe siècle et le IIe siècle av. J.-C., et les vestiges d’un édifice cultuel en activité au moins dès le VIIIe siècle av. J.-C., ouvre une fenêtre sur l’occupation de la région avant la fondation d’Alexandrie.